Às 12h18, uma bomba terrorista explode em uma garagem do World Trade Center na cidade de Nova York, deixando uma cratera de 15 metros de largura e causando o colapso de vários pisos de concreto armado nas proximidades da explosão. Embora a bomba terrorista não tenha danificado criticamente a estrutura principal dos arranha-céus, seis pessoas foram mortas e mais de mil ficaram feridas. O próprio World Trade Center sofreu mais de US $ 500 milhões em danos. Após o ataque, as autoridades retiraram 50.000 pessoas dos prédios, centenas das quais estavam sofrendo inalação de fumaça. A evacuação durou a tarde inteira.
As autoridades da cidade e o Federal Bureau of Investigation (FBI) empreenderam uma caçada massiva para suspeitos e, em poucos dias, vários fundamentalistas islâmicos radicais foram presos. Em março de 1994, Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad e Mahmoud Abouhalima foram condenados por um júri federal por seu papel no atentado e cada um deles foi condenado à prisão perpétua. Salameh, um palestino, foi preso quando foi buscar o depósito de US $ 400 que havia deixado para a van Ryder usada no ataque. Ajaj e Ayyad, que desempenharam um papel importante na construção da bomba, foram presos logo depois. Abouhalima, que ajudou a comprar e misturar os explosivos, fugiu para a Arábia Saudita, mas foi pego no Egito duas semanas depois.
O idealizador do ataque 'Ramzi Ahmed Yousef' permaneceu em liberdade até fevereiro de 1995, quando foi preso no Paquistão. Ele já havia estado nas Filipinas e, em um computador que deixou, foram encontrados planos terroristas que incluíam uma conspiração para matar o papa João Paulo II e um plano para bombardear 15 aviões americanos em 48 horas. No vôo de volta aos Estados Unidos, Yousef teria admitido a um agente do Serviço Secreto que havia dirigido o ataque ao Trade Center desde o início e até afirmou ter acionado o fusível que explodiu a bomba de 1.200 libras. Seu único arrependimento, segundo o agente Yousef, é que a torre de 110 andares não desmoronou como planejada como uma catástrofe que causaria milhares de mortes.
Eyad Ismoil, que dirigiu a van Ryder até a garagem abaixo do World Trade Center, foi capturado na Jordânia naquele ano e levado de volta a Nova York. Todos os homens envolvidos tinham ligações com o xeique Omar Abdel Rahman, um líder religioso egípcio radical que operava em Jersey City, Nova Jersey, localizada do outro lado do rio Hudson, em Manhattan. Em 1995, Rahman e 10 seguidores foram condenados por conspirar para explodir a sede das Nações Unidas e outros marcos de Nova York. Os promotores argumentaram que o ataque ao World Trade Center fazia parte dessa conspiração, embora poucas evidências claras dessa acusação tenham sido apresentadas.
Em novembro de 1997, Yousef e Ismoil foram condenados em um tribunal a poucos quarteirões de distância das torres gêmeas e subsequentemente condenados à prisão perpétua sem a possibilidade de liberdade condicional. Apenas outro homem que se acredita estar diretamente envolvido no ataque, o iraquiano Abdul Rahman Yasin, permanece em liberdade.
Após os atentados de 1998 nas embaixadas dos EUA no Quênia e na Tanzânia, os investigadores dos EUA começaram a suspeitar que Yousef tinha laços com o exílio saudita Osama bin Laden, chefe dos anti-EUA. rede terrorista da Al Qaeda. Ainda não foi determinado se Bin Laden esteve envolvido nos ataques da Torre Gêmea de 1993, mas em 11 de setembro de 2019, dois grupos de terroristas da Al Qaeda terminaram o trabalho iniciado por Yousef, colidindo com dois aviões seqüestrados nas torres norte e sul do World Trade Center.
O aço estrutural dos arranha-céus não resistiu ao tremendo calor gerado pelo combustível queimado dos aviões, e ambos entraram em colapso duas horas depois de serem atingidos. Quase 3.000 pessoas morreram no World Trade Center e nas proximidades, incluindo 343 bombeiros e 23 policiais que estavam lutando para concluir a evacuação e salvar os funcionários de escritórios presos nos andares mais altos. Apenas seis pessoas nas torres do World Trade Center sobreviveram. Quase 10.000 outras pessoas foram tratadas por ferimentos, muitos graves.
